Deildin sinnir neyðarvörnum í samvinnu við Almannavarnir ríkisins. Skagafjörður nær yfir stórt svæði og þess vegna höfum við 5 fjöldahjálparstöðvar víða um fjörðinn en allar eru þær staðsettar í skólum. Árið 2001 var haldin flugbjörgunaræfing á Sauðárkróki og í tengslum við hana var haldið námskeið fyrir fjöldahjálparstjóra. Þeim fjölgaði þá mjög og eru núna um 25 einstaklingar sem hafa réttindi sem fjöldahjálparstjórar. Í tengslum við æfinguna sem fyrr er getið var gerð neyðarvarnaráætlun fyrir deildina. Í haust mun ljúka uppfærslu á neyðarvarnaráætluninni. Í neyðaráætluninni eru skráðir fjöldahjálparstjórar, starfsfólk skóla og heilsugæslu, fjöldi túlka auk annarra sem eru tilbúnir til að bregðast við neyðarástandi. Neyðarvarnarnefnd skipuleggur útkall og hefur yfirsýn yfir neyðarvarnir á vegum deildarinnar.
Í neyðarvarnarnefnd eru:
| Nafn | Hs | Vs | Fs | Netfang |
| Gísli Árnason | 453 5067 | 455 8000 | 895 4408 | gisli at fnv.is |
| Jóhanna Karlsdóttir | 453 5989 | 455 8000 | johanna at fnv.is | |
| Karl Lúðvíksson | 453 8816 | 455 8000 | 896 8416 | karll at krokur.is |
| Sólrún Harðardóttir | 453 7305 | 453-6600 | 848 8328 |
solrun at holar.is |
Vegna neyðarvarnanna kom Skagafjarðardeild sér upp lager af teppum, dýnum og fatapökkum, auk þess sem fjárfest var í þremur talstöðvum.
Neyðarvarnarbúnaðurinn er staðsettur í húsnæði deildarinnar, sem og bolir og flíspeysur merktar Rauða krossinum fyrir sjálfboðaliða deildarinnar.
Skagafjarðardeild hefur einnig sinnt neyðaraðstoð innanlands og þá sérstaklega einstaklingsaðstoð innan héraðs. Hefur þá verið bæði um fjárframlög að ræða, auk fatnaðar og í sumum tilfellum aðstoð með innbú.